《你好七叶第二季》继续讲述活泼的女中学生喜武屋七叶的日常生活。她与奶奶、身为高中校花的姐姐七绪，以及拥有强大神佛感应能力的小学生妹妹心七一起生活，而奶奶则在冲绳岛经营着一家风味独特的冲绳荞麦汤面店。
某天，一只用咒文封印着树之精灵的瓶子被打开了。喜欢栖身于细叶榕树林中的精灵妮娜，以可爱小女孩的模样出现在七叶面前。随后，同为树之精灵的拉娜，以及能够化身为凶恶狮子的伊娜也相继现身。原本悠闲和睦的生活，就这样被这些不可思议的精灵搅起层层波澜，千叶酱也被卷入了一连串奇妙的事件之中。
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