《搞姬日常》的故事发生在霜科高级中学。高中二年级学生有川姬（桑原由气 配音）虽然是男生，却拥有娇俏可爱的外表，因此经常被不知情的人误认。某天，他遇上了一名纠缠不休的变态对其进行偷拍，甚至将照片拿到外面出售。正当有川姬因此焦头烂额时，霜科高中学生会向他伸出了援手。
就这样，有川姬加入了一个只有女生才能进入的学生会，并被规定今后只能穿女装出席。与他一同生活的，是个性大大咧咧、经常惹出麻烦的副会长步18禁（摩天楼由香 配音），运动和学业都十分出色却异常胆小的会长运子（小野早稀 配音），以及毒舌又沉浸在中二世界中的书记爱尔威尔缇娜2世（东城日沙子 配音）。面对这些性格古怪的少女们，有川姬将迎来怎样的校园生活与命运？
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