《棋魂·通往北斗杯之路》延续了动画版的故事。佐为虽然已经离开，进藤光（川上伦子配音）的围棋生涯却仍在继续。经过不懈努力与一次次对局，他终于成为职业棋手，既证明了自己的实力，也迎来了新的起点。成为职业棋手后，光从棋院得知了北斗杯的消息。这是一项面向18岁以下年轻棋手的围棋赛事，届时将有来自中国、韩国等围棋强国的青少年参赛。兴奋的光把消息告诉了塔矢亮（小林沙苗配音），没想到亮只是平静地表示，自己已经确定成为北斗杯参赛选手。相比之下，光还必须通过预选赛，才有机会与亮一同站上北斗杯的赛场。属于这群年轻棋手的北斗杯之路，就此展开。
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