苍蓝钢铁的琶音将故事设定在二十一世纪初。随着全球气候持续升高，冰山融化引发海水上涨，大部分陆地被淹没，人类赖以生存的空间不断缩小。此时，一支被称为“雾之舰队”的战舰群从天而降，迅速占据各片海域，成为人类最大的威胁。
士官候补生千早群像（兴津和幸 配音）偶然遇见了一艘名为“伊401”的潜水艇，并由此成为它的驾驶员。随后，皮肤黝黑、性格豪爽的橿原杏平（宫下荣治 配音），温柔聪慧、足智多谋的八月一日静香（东山奈央 配音），始终戴着面具、充满神秘感的织部僧（松本忍 配音），以及活泼可爱、行动敏捷的四月一日伊织（津田美波 配音）相继加入队伍。为了夺回原本属于人类的领地，这群怀揣拯救人类理想的伙伴乘上潜水艇，与强大的敌人展开了一场场激烈战斗。
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