公元2029年，世界已进入高度科技化、信息化的时代。科技进步提升了人类的生活水平，却也让犯罪逐渐走向高科技化。为应对这类犯罪，专门负责镇压高科技犯罪的特殊部队公安9课应运而生。全身完成“义体化”的女警草薙素子担任队长，带领成员持续执行各项任务。
在《攻壳机动队1995》中，公安9课先协助公安6课秘密处理一名程序员外逃他国的棘手事件，随后又被卷入传说中的黑客“傀儡师”引发的犯罪案件。调查一度陷入僵局时，“傀儡师”却突然现身于公安9课。草薙素子和战友们也因此一步步卷入一场牵涉政府的阴谋。
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