在忍者依然活跃于世间的时代，忍者们早已不再像过去那样坚守信念。如今，他们大多为富翁和政治家效力，替雇主处理各种见不得人的事情，而这群背弃信仰的忍者被称为“恶忍”。为了对抗不断壮大的恶忍势力，政府创办了半藏学院，将其作为培养“善忍”的场所。
天真活泼的焰（喜多村英梨配音）、出身贫寒却意志坚韧的咏（芽野爱衣配音）、沉默寡言、从不轻易流露情感的日影（白石凉子配音）、外表宛如小孩、内心却十分在意身材的未来（后藤沙绪里配音），以及表面腹黑狡猾、实际上充满母性光辉的春花（丰口惠美配音），五名少女在半藏学院相遇，并由此展开了她们的故事。
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