有马拓也是一名整日无所事事的高中生。身为历史学家的父亲在研究过程中神秘失踪，此后，他便与继母亚由美相依为命。暑假期间，拓也收到父亲寄来的包裹，里面装着一个罗盘、三颗水晶珠，以及一封提到“时间是可逆的，历史是不可逆的”和“平行世界”等内容的信。信中还嘱咐他在夜晚前往当地著名地标剑之岬，与某个人见面。
拓也依约来到剑之岬，却发现继母亚由美和父亲的研究伙伴龙藏寺幸三也在那里。平日里态度和蔼的龙藏寺突然变了脸色，要求拓也交出包裹，甚至拔枪威胁他。千钧一发之际，一道闪电击中了神社的御神石，拓也也随之昏迷。醒来时，现场已经空无一人。回家睡了一觉后，他逐渐察觉到事情不对劲：亚由美和龙藏寺竟然完全不记得前一晚发生过什么。
此时，拓也才意识到父亲寄来的遗物并非普通物品，而是一套能够让人在平行世界之间自由穿梭的神奇道具。为了查明父亲真正的下落，他开始展开一连串调查。
动漫