《龙鸣》讲述了来自冥王星的巨大陨石塔纳托斯（Tanatos，名称源自希腊神话）威胁地球人类安危的故事。为了对抗这一灾难，国际太阳系开发机构“ISDA”秘密启动了不为人知的“D计划”：利用在小笠原群岛近海深海区域发现的神秘生命体“龙”，开发生态兵器，并借助它直接摧毁塔纳托斯。
“龙”是一种拥有高度智慧和超强攻击力的究极生命体。被发现时，它还处于卵的状态，随后被秘密送往“ISDA”进行培育。就在这项计划不断推进之际，一名两年前因事故失去家人的孤独少年，与一位曾出手搭救他的神秘少女命运般地相遇了。
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