《圣母在上第三季》是一部共5集的OVA作品。私立莉莉安女子学院创立于明治34年，是一所拥有悠久传统、校风优雅的女子名门学校。学院坐落在武藏野广阔而富饶的土地上，设有幼儿园、小学、中学、高中、大学（文学部和家政部）以及研究生院，始终致力于淑女教育，培养谨慎谦恭、学识丰富且知书达理的淑女。
在莉莉安女子学院，每位一年级新生都会由一名二年级学姐选为“妹妹”，学姐则以“姐姐”的身份在学习和生活中给予照顾。这种一对一的监护人制度不仅帮助新生更快适应校园生活，也促进了不同年级学生之间的交流，使学院更加团结，其中还融入了一定的宗教因素。学生会“山百合会”由红、白、黄三个玫瑰家族掌管，玫瑰家族的成员既是学生们的榜样，也深受大家仰慕。
故事的主角福沢祐巳原本只是一个平凡的新生，却在一次阴差阳错中，被自己一直崇拜的学姐、红玫瑰家族的二年级学生小笠原祥子选为“妹妹”，由此开启了一段与众不同的校园生活。随着她逐渐深入“山百合会”，一个个关于女孩子之间情感的动人故事也随之展开。
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