警方为了应对未确认生命体，开发出G3系统。这套系统以未确认生命体4号、即幪面超人古迦的力量为基础设计，装备者是性格真诚却略显粗犷的警员冰川诚。与此同时，警方另一部门在一座荒岛上发现了古代文明遗迹，并着手进行解码。
当未确认生命体再次出现，连G3也无法与之抗衡时，神秘的金色幪面超人亚极陀突然现身。亚极陀的真实身份，是一名失去记忆的青年津上翔一。由于起初无法控制自己的力量，翔一甚至曾袭击G3。
翔一暂住在美杉义彦家中，并结识了拥有超能力的风谷真鱼。真鱼帮助翔一四处寻找失去的记忆，两人也因此遇上了苇原凉。凉从父亲遗留下来的物品中发现一本記事簿，里面记载着一个无人知晓的名字。随着对父亲死因的调查深入，他逐渐发现自己竟是另一位幪面超人——磯烙使。由于磯烙使是不完整的亚极陀，凉每次变身后都会出现后遗症。
一次行动中，凉陷入极度危险的处境，幸得一名因超古代文明遗传因子而诞生的青年出手相救。此后，陆续出现的未确认生命体，分别被翔一、凉与冰川诚击败。后来，凉误会女朋友是被亚极陀……
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