二十年转瞬即逝，初音岛风见学园的毕业季即将到来。此时，官方新闻部的权威正受到非官方部的大胆挑战，而毕业季特刊也成为新闻部当前最重要的任务。部长森园立夏（新田惠海 配音）决定亲自调查传说中永不凋零的樱花树，并将魔法定为本期杂志的主题。作为新闻部唯一的男性成员，芳乃清隆（小野友树 配音）自然承担起了重要责任。温柔美丽、善解人意的芳乃夏露露（宫崎羽衣 配音），清隆的青梅竹马葛木姬乃（佐佐木未来 配音），认真执着又有些傲娇的瑠川纱罗（樱咲千依 配音），以及体弱多病、性格内向的阳之下葵（海保绘果 配音），也将与他并肩调查。在同伴们的帮助下，清隆最终会为这期特刊交出怎样的答卷？初音岛III，由此展开。
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