《水星领航员第一季》讲述了发生在AQUA星球上的故事。这个由人类改造而成的“水之星球”上，坐落着闻名遐迩的观光城市“新威尼斯”。15岁的水无灯里（叶月绘理乃配音）从地球来到这里，怀抱着成为优秀领航员的梦想。领航员的工作，是驾驶凤尾舟，带领游客欣赏这座水城的美丽风光。
灯里加入了亚利亚领航公司，开始了自己的修行生活。在那里，她陆续结识了蓝华、爱丽丝等朋友，也遇到了被誉为“三大水精灵”之一的艾丽西亚前辈。虽然还是一名经验尚浅的“半熟手”，暂时无法熟练地出航接待客人，但灯里始终为了梦想认真努力。
在这座与地球截然不同的水上城市里，乐观开朗的灯里和伙伴们不断经历各种新鲜而奇妙的日常。随着一次次相遇与探索，她也逐渐明白，成为一名出色的领航员究竟意味着什么。
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