《神魂合体第一季》的故事发生在西元2042年。那时，地球上突然出现了名为“拟态兽”的未知巨型生物，各国研发的巨大机器人纷纷投入战斗。日本超级机器人“轰牙”的驾驶员猿渡刚，在后来被称为“巨神战争”的首领拟态兽决战中，失去了既是搭档也是恋人的米拉·阿卡曼。然而，作为代价，他也救下了一名少女，而她正是葵杏奈。
人类历经苦战后赢得了战争，五年时间转瞬即逝。虽然世界各地仍有拟态兽的变种存活，超级机器人与它们之间的战斗依旧没有结束。此时，已经17岁并成为高中生的杏奈与刚重逢，两人逐渐坠入爱河，并决定步入婚姻殿堂。没想到婚礼当天，日本再次出现拟态兽，刚不得不中断婚礼，驾驶轰牙出击。
但杏奈并不是只会等待丈夫归来的女孩。她登上轰牙的搭档机器人“新奥库萨”，亲自投身与拟态兽的战斗。两人能否顺利完成婚礼？他们又能否守护世界的和平？
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