《绝对可怜小孩 THE UNLIMITED 兵部京介》的故事发生在不久的将来。彼时，超能力者已经成为社会中理所当然的存在，但他们与普通人之间的隔阂依旧没有完全消失。年轻的天才科学家皆本光一受命照顾三名拥有强大超能力的少女——明石熏、三宫紫穗和野上葵。三人在内务省特务机关超能力支援研究局“BABEL”的领导下，日夜执行各种危险任务。皆本光一则负责引导她们走上正轨，成长为能够为社会所用的人才。然而，面对这三个早熟、任性又难以管教的女孩，他每天都为此烦恼不已。
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