《小魔女学园》讲述了阿科的魔女成长故事。小时候，她曾观看夏依妮·莎莉温的魔法表演，从此立志成为一名魔女。怀抱着这份梦想，阿科进入了与莎莉温就读于同一所学校的传统魔女育成名门——露娜诺娃魔法学校。
来到陌生的城镇，开始全新的校园生活，阿科也结识了萝特、苏西等朋友。在这所充满魔法气息的学校里，她们学习扫帚飞行，体验各种只有魔女学校才有的奇妙课程，却也因此接连引发一连串骚动，甚至将整个露娜诺娃卷入其中。对阿科而言，成为魔女的第一步，就这样拉开了序幕。
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