《攻壳机动队》TV动画共分为两季。第一季的故事设定在公元2030年，经历过四次世界大战的社会正面临更加严峻的挑战。随着义体化等高科技不断发展，犯罪也变得愈发诡异而复杂。为应对这类案件，日本内务省直属、对外并不存在的特种部队公安9课应运而生。在队长草薙素子的率领下，他们不断追查案件、制裁隐藏在社会各处的恶势力。等待公安9课的，是由尖端科技催生的离奇犯罪、错综复杂的权力政治阴谋，以及以“笑脸男”为代表的“Stand Alone Complex”犯罪。
笑脸男事件结束后，故事进入第二季。公安9课迎来了新的敌人，一个自称“个人的11人”的反政府武装组织开始实施周密的犯罪计划。随着调查深入，战争难民问题逐渐浮出水面，社会矛盾也因此进一步激化。面对政府与犯罪势力带来的双重压力，草薙素子再次率领公安9课展开行动。
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