《攻壳机动队：崛起5》源自《Arise》于2015年重制的10集电视动画《攻殻机动队Arise - Alternative Architecture》。其中前八集由剧场版四部曲重新剪辑而成，最后两集「Pyrophoric Cult」则是完全新作，讲述围绕电子脑病毒“火种”展开的冲击性前传故事，并将剧情引向《攻壳机动队 新剧场版》。
2029年1月，新滨市郊外发生飞机爆炸恐怖袭击。荒卷率领的公安九课接到美军情报部请求，双方展开联合调查。警方推测，事件嫌疑人是负责买卖电子脑病毒“火种”的中间人，代号“纵火魔”。此人受卡尔特派遣，前来暗杀穂积上校，并以制造飞机爆炸恐袭的方式杀死了追查自己的美军情报员。为抓捕纵火魔，草薙将穂积当作诱饵，悄然布下包围网。
在激烈的电子脑对战中，草薙一度成功压制纵火魔。然而，调查显示，纵火魔的身份竟与飞机失事现场发现的恐怖分子遗体资料完全一致。这个神秘人物究竟是谁？与此同时，草薙一行人在电子脑分析过程中被排除出联合调查，转而负责护送穂积上校前往美军情报部。没想到纵火魔成功逃脱，不仅杀死设施内的所有技师，还对草薙等人发动袭击。纵火魔的电子脑中最后只剩下一个意志：保护能够让所有人实现进化的钥匙——火种。
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