圣诞之夜，卡森共和国水企业与哈里曼达拉公司签署协议的大厦外聚集了大批抗议者。负责维持秩序的警察机动部队却突然拔枪，对示威群众展开无差别屠杀。随着调查深入，恐怖事件背后若隐若现地浮现出一种名为“火种”的神秘病毒。
在与身份不明的敌人交锋时，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴救下了全身义体化的少女津田艾玛（茅野爱衣 配音）。艾玛似乎与利用虚拟记忆策划恐怖活动的案件有着密切联系。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）拒绝将她交给陆军情报部的穗积上校（庆长佑香 配音），并命令草薙护送艾玛前往501机关接受调查。调查过程中，草薙不仅发现少女体内存在两个灵魂，也逐渐触及了一段被官方与军方刻意掩盖的悲惨真相。
本片改编自士郎正宗的原作，是《攻壳机动队》前传“ARISE”系列的第四部。
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