公安九课少校草薙素子（坂本真绫配音）正在享受难得的假期，却突然收到巴特（松田健一郎配音）的紧急报告：西之内一栋大厦遭到恐怖袭击，政府高官与商业巨头相继遇害。草薙立即率领石川、波玛、帕兹、巴特等九课成员展开行动，最终成功制服恐怖分子。然而在任务过程中，草薙意外感染了一种来历不明的神秘病毒。
几乎就在西之内发生袭击的同时，远郊一座水坝也遭遇爆炸。新滨县刑警陀古萨（新垣樽助配音）奉命传唤水坝管理企业负责人沙特博士。这个来自饱受战火摧残的卡森共和国的卡尔迪斯人，似乎掌握着事件的重要线索，但由于警方高层施压，陀古萨始终没能从他口中获得有效信息。
另一边，草薙等人查明，发动恐怖袭击的其实是来自卡森的游击队组织。西之内大厦遇袭与水坝爆炸两起案件由此产生联系，而隐藏在事件背后的真相也逐渐浮出水面。
本片改编自士郎正宗原作，是《攻壳机动队》前传“ARISE”系列的第三部。
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