《迪迦奥特曼：最终圣战》讲述了邪神加坦杰厄与迪迦奥特曼决战结束后的故事。人类在随后两年里享受着难得的和平，直到入间队长带领GUTS考古队前往南太平洋的远古遗迹露露耶。在那里，他们重新发现了已经毁灭的超古代城市，以及三尊邪神石像——希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）和女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。
尽管入间强烈反对擅自触动遗迹，但上层的决定无人能够改变。随着封印被打破，三尊邪神相继复活，人类再次陷入灭顶之灾。此时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）感情稳定，即将携手走进婚姻殿堂。然而，邪神率领爪牙向人类世界发动袭击，而早已失去奥特曼力量的大古面对危机无能为力。三千万年前毁灭人类文明的记忆再度苏醒，也不断折磨着大古以及迪迦奥特曼的心灵。
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