《健康全裸系游泳部》讲述了蜷川亚室（丰崎爱生 配音）的青春故事。亚室从小在海边长大，拥有出色的游泳天赋，是个活泼开朗的女孩。今年，她即将转入著名的县立海商高等学校，开始全新的校园生活。入学后，她毫不犹豫地加入了自己最喜欢的游泳部，却意外发现，身为经理兼部长的冲浦要（丰永利行 配音）竟然是个连水都不敢接触的旱鸭子。
在游泳部中，亚室结识了许多志趣相投的伙伴，包括坚强好胜的织冢桃子（生天目仁美 配音）、身材娇小、相貌稚嫩的生田莳辉（清水爱 配音），以及外表清纯、内心却十分好色的静冈魅玲（福井裕佳梨 配音）。在亚室不断的支持与鼓励下，冲浦要也逐渐鼓起勇气，开始尝试曾经令他恐惧的游泳运动。而在共同训练和相处的过程中，他与亚室之间的关系，似乎也渐渐超越了普通部长与部员的界限。
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