影片故事部分取材于当年3月推出的最新游戏《樱花大战3》。游戏中，主角大神中尉前往巴黎，讲述了故事的一条线索；而电影则进一步揭开花组背后的秘密。大神离开后，花组失去了领导者，因此一位新角色登场，接替他的是星组前任队长拉切特·阿蒂尔。她理性而特立独行，却给花组带来了严重问题，成员们也因此与她产生了分歧。
与此同时，帝国华击团正受到一批来历不明的恶魔威胁。一家美国公司还带来了新型反降魔机甲，企图取代光武部队。由于大神不在，花组屡次出现失误，如今面临前所未有的危机，而废除帝国华击团花组的阴谋也正在暗中展开。
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