夏日的一天，红发女孩玛丽（杉咲花配音）来到阿姨夏洛特居住的乡间小屋度假。面对陌生的环境，她一时难以适应，尤其是调皮的男孩彼得（神木隆之介配音）总是故意与她作对，更让她心情郁闷。一次偶然的林间探险中，玛丽发现了传说中的魔法之花“夜间飞行”，还找到了一把破旧的扫帚。没想到，这把扫帚竟载着她飞上天空，将她带到了专门培养魔法师的恩德学园。在这个充满奇幻色彩的地方，玛丽受到曼布勒切克女士（天海佑希配音）的热情接待，也遇见了模样古怪的D博士（小日向文世配音）。懵懵懂懂成为魔法学员后，玛丽很快察觉到学园背后隐藏着不为人知的秘密……
本片改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说，是米林宏昌离开吉卜力工作室后执导的第一部长篇动画电影。
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