奈叶（田村由香里 配音）原本只是海鸣市一名普通的小学三年级女生，却因偶然结识来自异世界的尤诺，获得了魔法少女的身份，并卷入争夺遗产的战斗。上一次事件结束后，她与结下深厚友谊的菲特（水树奈奈 配音）暂时分别，回到平静的日常生活中，同时持续接受魔力训练，以应对敌人可能发起的新一轮袭击。某天，一道神秘的魔法结界突然笼罩在海鸣市上空，引起了奈叶的警觉。很快，她便遭到红发魔法少女维塔（真田麻美 配音）的袭击。令奈叶震惊的是，维塔轻易便击破了她的坚固防御。危急时刻，菲特及时赶到，奈叶才得以脱险，而维塔的现身也表明，一场不为人知的阴谋正在悄然展开。
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