在繁华时尚的忍者岛上，乐高小人们原本过着轻松快乐的生活，唯独邪恶魔头加满都（贾斯汀·塞洛克斯 Justin Theroux 配音）时不时前来入侵，让这片土地不得安宁。每当危机来临，英勇的幻影忍者便挺身而出，与加满都展开激战，守护忍者岛免遭邪恶势力统治。
绿色忍者劳埃德（戴夫·弗兰科 Dave Franco 饰）其实是加满都的亲生儿子，但岛上的居民并不知道他的忍者身份，反而因为他的身世不断嘲笑和辱骂他。满腹委屈的劳埃德，只能把怒火发泄在那个以制造破坏为乐的父亲身上。一次失败后，加满都带领更加强大的军团卷土重来。危急关头，劳埃德启动了吴大师（成龙 配音）明令禁止使用的终极武器，却由此引发一场足以毁灭忍者岛的灾难。
为了挽救家园，幻影忍者们踏上艰难旅程，跋山涉水寻找希望，甚至不得不与宿敌加满都暂时联手。《乐高幻影忍者大电影》的冒险，也由此拉开序幕。
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