世纪末，一场突如其来的洪水即将淹没Griffin岛。狮子领袖带领动物们登上一艘前所未有的巨船——诺亚方舟，然而，并非所有动物都有资格登船。热爱旅行的戴夫和他的儿子芬尼是一对呆萌可爱的父子，因为不在登船名单之内，只能乔装成小金狼，设法混入方舟。
没想到，父子俩阴差阳错地遇到了金狼母女海泽尔和利亚。正当他们以为已经成功蒙混过关时，两个好奇的孩子却意外跌落船外。为了寻找家人，芬尼和利亚踏上了充满危险的寻亲之旅。一路上，这两个孩子从彼此看不顺眼的冤家逐渐成为并肩作战的朋友，并凭借勇气和友情抵御洪水与野兽的袭击。与此同时，戴夫和海泽尔也为了营救孩子们，与傲慢的狮子船长斗智斗勇。
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