《9600万双眼睛》讲述了新任监察厅长项大可（王志刚 饰）上任后，便接到工人要求彻查太风公司诈骗行为的棘手案件。新闻发布会上，记者师晓暄（姜黎黎 饰）揭露了太风公司的种种内幕，并当面追问项大可是否敢于调查此案，项大可给出了肯定答复。
太风公司的负责人倪大公是副省长倪华江的儿子，公司党委书记顾珍也拥有深厚的关系网。项大可坚持秉公办案、深入调查，倪华江却率先出面干涉，并诬陷他的行为“阻碍了改革开放的进程”。与此同时，公司经理莎菲菲唆使顾珍在省委扩大会上大闹。就在调查逐步推进之际，一家受骗工厂的厂长找到倪大公讨要说法，双方发生争执并动起手来，倪大公意外死亡，也使项大可的调查陷入了始料未及的麻烦。
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