大宋淳祐七年，钦州灵龙镇灾祸不断，百姓纷纷传言是蛟龙作乱，只有将童男童女投入锁龙井，以供蛟龙吞食，才能换来全镇安宁。这个残酷的祭祀习俗延续已久，无数无辜孩童因此葬身井中，镇上哭声不绝，家中有孩子的百姓更是终日惶恐不安。
新科进士庄严出任主簿后，决意查清锁龙井中的蛟龙之谜，却因调查此事触怒所谓的龙王，最终被投入大牢。灵龙县仵作小宛为了营救心上人，千里寻访早已金盆洗手的宋慈，请他重新出山查案。面对层层迷雾与重重疑点，宋慈与小宛携手追查，终于在庄严行刑之前揭开真相，使庄严沉冤得雪。随后，在众人见证下，小宛正式拜宋慈为师，开始学习验尸断案之术。
就在灵龙镇逐渐恢复平静之际，宋慈却察觉到，事情背后的真相远没有表面看起来那么简单。
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