《清宫秘史》以清光绪年间为背景。彼时山河动荡，外忧内患，中国正处于生死存亡的关头。光绪皇帝（舒适饰）虽身居帝位，却因慈禧太后（唐若青饰）垂帘听政而处处受制，几乎沦为傀儡。户部尚书翁同龢亲自教导光绪研习经书、阐释义理，并向他灌输启蒙思想，使光绪逐渐萌生变法图强的念头；他的宠妃珍妃（周璇饰）也每天节省下银两，准备充作军费。
甲午战败后，翁同龢被罢职回乡，临行前向光绪举荐康有为。1898年，光绪联合维新派推行变法，却遭到以慈禧太后为首的顽固势力强烈抵制，双方矛盾不断升级。太后一方设下计谋，企图借天津阅兵之机废黜光绪；与此同时，维新派也伺机行动，派袁世凯（罗维饰）刺杀荣禄，并计划控制慈禧太后……
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