《特高课在行动》讲述了一个深夜发生在博爱医院的故事。内科医生辛玉廷（马崇乐）和画匠老方救下了一名遭日本宪兵队追捕的伤员，另一名医生周益（雷明）则向外界拨打了一通神秘电话。没过多久，日本宪兵队特高课的青木（袁春海）接到“四十五号”的情报。这个被称为“帝国军人眼睛”的神秘人物指认博爱医院藏有线索，青木随即命令翻译官丁彦（郭法曾）前往搜查，但丁彦扑了个空。
随后，“四十五号”现身日本宪兵队，声称周益正是他们要找的新四军买药人。得知药品交易的时间和地点后，青木再次派丁彦出发，却不知道丁彦与“四十五号”的身份并无差别。
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