《苔藓》讲述了一个关于罪孽、救赎与秘密的故事。1978年，曾在越战中自认犯下杀孽的刘木刑回到韩国，并皈依天主教，试图通过虔诚修行洗清过去的罪孽。他组织村民集资购地，将其作为传教之用。刑警千永德（郑在泳饰）认定刘木刑是个骗子，曾对他百般迫害，却最终被刘木刑打动。随后，两人带着几名罪犯远赴偏僻之地，开始寻求救赎。
25年后，当初的落脚地已发展成一个秩序井然的村落。刘木刑去世后，他的儿子刘海国（朴海日饰）从首尔赶来奔丧，却发现村民们似乎并不欢迎自己，反而一心盼着他尽快离开。疑虑重重的刘海国坚持为父亲进行尸检，并查出原本登记在刘木刑名下的土地和财产，早已被转移到千永德名下。在检察官朴民旭的协助下，刘海国展开调查，而村中女子英智也在暗中注视着他。随着调查不断深入，这个村落尘封已久的阴暗往事逐渐浮出水面。
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