《英国病人》讲述了一段在战争与沙漠中交织的爱情故事。二战期间，一架英国飞机飞越撒哈拉沙漠时被德军击落，机师身受重伤并失去了记忆，无法说出自己的身份，因此被人称为“英国病人”。
战地护士汉娜决定留下来照顾他。两人暂住在意大利一座废弃的修道院中，那里远离战争喧嚣，显得宁静而空旷。躺在木床上的英国病人，在床头一本旧书的触发下，逐渐回忆起自己的过去。
他原本是考古学家艾马殊伯爵。跟随探险队前往撒哈拉考察时，他结识了负责绘制地图的飞机师杰佛，以及杰佛的妻子凯瑟琳。凯瑟琳的美丽与才华深深吸引了艾马殊，两人在共同探访沙漠深处的壁画洞穴时，发现彼此志趣相投，感情也逐渐超越了道德的界限。
凯瑟琳最终选择结束这段关系，但杰佛还是发现了妻子的外遇。悲痛之下，他驾驶飞机试图与凯瑟琳和艾马殊同归于尽。艾马殊侥幸逃过一劫，凯瑟琳却身受重伤，杰佛也因此丧命。艾马殊赶到凯瑟琳身边，将她安置在山洞里，并承诺一定会走出沙漠寻求援助。为了兑现诺言，他历经艰难，甚至背负上卖国的罪名，招来杀身之祸。可当他终于带着援助返回时，凯瑟琳已经在严寒中离世。
艾马殊将凯瑟琳的遗体放上飞机，飞越撒哈拉沙漠时遭到德军击落，这才引出了影片开头的那一幕。与此同时，汉娜在修道院照顾英国病人的日子里，结识了印度籍拆弹手基普，两人逐渐产生感情。战争虽然已经结束，基普却仍必须一次次面对死亡。
最终，在英国病人的请求下，汉娜为他注射了大剂量的吗啡。
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