《赤道》中，韩国一批秘密核武器离奇失踪，另一架运载军方手提装置的飞机也在中国境内坠毁。韩方获悉，疑似绰号“赤道”的危险人物（张震 饰）将与助手“信差”（文咏珊 饰）在香港进行秘密武器交易，于是派遣武器专家崔民号（池珍熙 饰）和特工朴宇哲（崔始源 饰）前往调查。
香港反恐特勤组主管李彦明（张家辉 饰）与督察范家明（余文乐 饰）协助韩方追查武器下落，核物理教授肇志仁（张学友 饰）也受邀参与案件。武器虽然很快被寻回，但其中竟然潜藏着更大的危机。就在香港与韩国警方准备将武器送回韩国时，大陆安全局高管（王学圻 饰）携助手袁小姐（冯文娟 饰）突然现身，三方由此陷入复杂周旋。随着真相逐渐揭开，众人发现真正的“赤道”另有其人，而一场精心策划的阴谋也正式启动。
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