《功夫棒球》的故事发生在东京的全力高中。校内棒球队实力羸弱，长期屡战屡败，在每次联赛中都垫底。面对这样的局面，校长终于向球队以及教练不屈斗志（玉山铁二 饰）发出废部警告。
然而，不屈斗志并未因此放弃组建棒球队的理想。他决心带领一群懒散又怯弱的队员，打一场彻底的翻身仗。尽管训练计划已经拟定，真正实施时却困难重重。球队在不断克服阻碍、经历一次次挫折后，终于赢得了成立以来的首场胜利。士气大振的不屈斗志随后又提出了一个近乎无法实现的目标：带领球队称霸甲子园。
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