《多罗罗》的故事发生在日本室町时代中期，当时幕府威望日渐衰落。为了实现称霸天下的野心，醍醐景光（中井贵一饰）将尚未出生的儿子献给48个魔神，并与它们达成交易。作为代价，孩子一出生便被夺走了眼睛、耳朵、口、鼻等48个身体器官。
失去器官的婴儿被遗弃在河中，幸而被一名医生救起。医生收养了他，为他制作义眼、义肢等替代器官，并将他取名为百鬼丸。长大后，百鬼丸为了摆脱诅咒般的命运，夺回属于自己的身体，决定向占有他器官的48个魔神发起挑战，离开养父踏上征途。
寻找魔神的途中，百鬼丸结识了自称侠盗的多罗罗（柴崎幸饰）。为了得到百鬼丸手中的宝剑，多罗罗跟随他同行，两人由此展开了共同的旅程。
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