《神枪手》中，凌靖（黄晓明饰）连续四年稳坐香港警察狙击手队伍的第一把交椅，深受上司和队友赏识。然而，他性格孤傲，不善与人相处，生活中唯一的慰藉就是妻子的陪伴。一次剿匪行动中，他失手击毙了人质，而死者竟是城中首富的独子。面对富商不断向警察部门施压，凌靖最终被判误杀，入狱四年。
凌靖离开后，原本排名第二的克明（任贤齐饰）取代他成为警队最强狙击手。事实上，当年正是克明提供假证，导致凌靖入狱。出狱后的凌靖对出卖自己的警队和克明充满怨恨，并发誓要展开报复。
警校高材生O仔（陈冠希饰）枪法出众，用枪技术更是一流，很快便受到克明赏识，被招揽加入香港警察狙击队。听闻凌靖的经历后，O仔对这个传奇人物产生好奇，并在一次偶然相遇中得到凌靖指点，逐渐与他成为朋友。
凌靖不断挑衅警队，迫使整支狙击手队伍出动围捕。面对重重包围，他拼死反抗，独自与警方展开激战。关键时刻，克明以自己作诱饵，在O仔的协助下让凌靖不慎暴露位置。最终，这场正面较量将由哪一方胜出，凌靖又能否为自己讨回迟来的公平，成为故事的悬念。
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