五年的追查最终因X档案被关闭而化为泡影，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）与丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）也被迫调离原岗位，开始处理普通案件。一天，美国得州达拉斯市一栋写字楼发生爆炸。尽管两人竭力组织疏散，仍有4名无辜者丧生，穆德和斯科莉也因此遭到上级责难。可没过多久，穆德发现这4名死者其实早在爆炸发生前就已经死亡，所谓的爆炸案，竟是某个神秘部门为掩盖重要证据而制造的骗局。据传，这个部门多年来一直秘密研究外星人，而相关研究甚至可能将人类推向毁灭。为了查明真相，穆德与斯科莉决定展开调查，却不断遭遇神秘而强大的力量阻挠。本片是同名美剧推出的第一部剧场版。
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