《修女》的故事发生在罗马尼亚乡间的一座修道院。一天，一名修女在那里自杀，梵蒂冈得知后，派遣伯克神父（德米安·比齐尔 Demián Bichir 饰）与见习修女艾琳（泰莎·法米加 Taissa Farmiga 饰）前往调查。
抵达修道院后，两人遇见了定期为这里运送物资的法国青年弗兰切（乔纳斯·布洛凯 Jonas Bloquet 饰）。他是最先发现修女尸体的人，于是三人一同进入这座阴森诡异的修道院。那里修女们行踪飘忽，宛如幽灵一般，而始终不露面的修道院长则声称，众人正在进行静默祈祷，要到第二天才能接受询问。
由于无法立即展开调查，伯克神父、艾琳和弗兰切只得暂时留宿修道院。然而夜幕降临后，隐藏其中的恐怖逐渐显现，一股邪恶力量开始向虔诚的信仰发起无差别的袭击。
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