妖怪比留子讲述了发生在一所偏僻乡村中学的诡异事件。对考古充满热情的教师八部高史（竹中直人 饰）与学生月岛令子（上野めぐみ 饰）在进行一项研究时突然失踪，校园里顿时陷入恐慌，各种猜测和流言不断蔓延。
受八部老师邀请来到学校的怪异考古学家稗田礼二郎（沢田研二 饰），途中偶然救下了八部的儿子正雄（工藤正貴 饰）。正雄一方面担心父亲的下落，另一方面也牵挂着自己暗恋的令子。夜幕降临后，稗田带着正雄和自己发明的妖怪探测器进入学校调查，最终发现八部老师在探索一座古墓时，无意间释放了沉睡其中的妖怪比留子。
传说比留子是《古事记》中初神伊耶那岐与伊耶那美的孩子。随着她重新现世，原本平静的校园被卷入一场血腥而混乱的灾厄之中。本片改编自诸星大二郎的漫画《妖怪ハンター》。
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