《忍者怪物》的故事发生在日本战国时代末期。随着德川家康一统天下，曾在乱世中发挥重要作用的忍者集团因被视为潜在威胁，遭到幕府严令封杀。
此时，长野藩连年遭遇旱灾，百姓饥寒交迫，整个藩地陷入贫困与衰败之中。此前派出的联络人员迟迟没有消息，公主幸姬（森川葵 饰）只好亲自启程前往江户。途中，公主一行必须翻越一座传闻栖息着可怕妖怪的大山，村民们纷纷劝他们绕道而行。然而，面对藩内迫在眉睫的危机，以及藩主突然离世的变故，他们已经别无选择。
进入山中后不久，一行人便遭到恐怖怪物袭击。危急关头，随行忍者传藏（藤冈靛 饰）出手救下幸姬。就这样，一场充满危险的旅程正式展开。柔弱的公主能否平安抵达江户？始终徘徊在众人身边的怪物，究竟隐藏着怎样的真相？
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