皮皮鲁夺走缩小芯片后，带着舒克和贝塔回到家中。为了躲开捕鼠队的追捕，三人从皮皮鲁家一路逃到了交易市场，没想到捕鼠队也紧追不舍。朋友加西、琪琪等人提前布置防御，与强大的机械狗和无人机展开对抗，就连老鼠科学家也加入了争夺芯片的行动。
形势危急之际，皮皮鲁决定将加西、方猎猎等人缩小，大家共同商议对付白客公司的办法。与此同时，白客公司开始转移实验室。舒克、贝塔、琪琪等驾驶飞机、坦克和摩托车向白客公司发起进攻，最终夺回了实验室，但恢复芯片却落到了白客手中。随后，皮皮鲁改造并升级装备，帮助大家潜入其中。
舒克和贝塔终于找到了恢复芯片，却不幸被捕鼠队长抓获，并在监狱里见到了旧敌白路。原来，白路因为具有放电功能，被抓来接受实验。
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