《水果宝贝之水果总动员》讲述了小橘子吉星为了守护水果村，逐渐成长为水果英雄的故事。隐藏在茂密森林深处的水果村，是一个与世隔绝的神秘村落，村民们一直过着平静幸福的生活。一天，桃老师在课堂上讲起30年前恶虫从森林中出现并袭击水果村的往事。放学后，向往成为水果英雄的吉星对恶虫的传说充满好奇，便召集伙伴一同深入森林。没想到，他们真的发现恶虫再次现身，并在同伴们的帮助下将其击倒。恶虫重现后，水果与恶虫之间的攻防战也正式拉开序幕。
回到水果村，吉星一行把恶虫再度出现的消息告诉大家。为了抵御来袭的敌人，水果村民开始修筑围墙。另一边，巨巫虫派出变色虫刺探水果村的防御情况，却被吉星、美蕉和榴星轻松击败。变色虫返回恶虫基地报告围墙状况后，虫博士立即着手研制破坏围墙的工具。第二天，恶虫全体借助虫博士的道具越过围墙，向水果村发动进攻；与此同时，一头神秘的大怪兽也出现在村中。水果村陷入腹背受敌的危机，吉星能否化解这场灾难，拯救自己的家园？
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