《九色鹿》取材于敦煌莫高窟中流传已久的古老画赞。莫高窟保存着许多古代无名艺术家创作的手绘珍品，而影片讲述的，正是其中一个优美动人的故事。
一天，几名波斯商人在荒无人烟的戈壁滩上迷了路，九色鹿为他们指明了方向。花喜鹊得知后，责怪九色鹿行事太过草率，担心这些手持刀枪的波斯商人会把九色鹿的行踪泄露出去。不久，九色鹿又救起了一名落水的弄蛇人，并叮嘱他不要向任何人说起自己。弄蛇人当面对天发誓，答应永远保守秘密。
然而，波斯商人拜见国王时，果然将他们在荒漠中遇到九色鹿的奇遇说了出来。王后听闻后，执意要用九色鹿的鹿皮制成衣裳。于是，国王张贴布告，悬赏捉拿九色鹿，承诺捕获者可以封官受赏。弄蛇人经过一番犹豫，最终利欲熏心，向国王告密。由于四处搜寻始终找不到九色鹿，他便假装落水，引得九色鹿听见呼救声后赶来。
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