《拳皇命运 日语版》讲述了1800年前的故事：由人类恶念凝聚而成的怪物八歧大蛇肆虐人间，最终被以草薙家族为首的武术家们借助三件神器封印。到了现代，世界综合格斗大赛THE KING OF FIGHTERS（简称KOF）在南镇举行，来自世界各地的格斗高手齐聚于此。草薙家族传人草薙京来到南镇后，敏锐地察觉到大蛇之力正在复苏，种种迹象也表明，KOF大赛的背后隐藏着一个巨大的阴谋。随着比赛正式展开，怀揣不同目的的各支队伍逐渐被命运牵引到一起，而幕后的邪恶势力早已布下天罗地网，企图将所有格斗家一网打尽。一场正义与邪恶之间的对决即将爆发。
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