《省港旗兵2：兵分两路粤语》讲述了内地警方为遏制日益猖獗的犯罪活动，应香港政府请求，派出向东（徐锦江饰）、京生（林国斌饰）和郭学军三名警员，以偷渡客的身份潜入香港。抵港后，三人在香港警署程Sir的直接指挥下展开行动，并得到本土探员大大（万梓良饰）的协助。他们成功打入内地犯罪集团内部，先后惩治烂仔小兴，击毙江家四兄弟，行动果断狠辣，却因作风强硬而不受程Sir认可。与此同时，江家兄弟的死亡引发黑帮疯狂报复，大大也因此丧命。
后来，京生受昔日战友阿虎邀请，三人假装加入一支银行抢劫团伙，实际上与警方联手，准备将这伙劫匪一网打尽。然而，就在行动前夜，意外突然发生，原本周密的计划也随之陷入变数。
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