《苏乞儿》故事发生在鸦片战争前夕。大侠黄飞鸿（王珏 饰）协助钦差大臣林则徐（鲍方 饰）查禁鸦片，暗中勾结烟商的十二贝勒（熊欣欣 饰）则决定亲赴广州，设法对付黄飞鸿与林则徐。广东富商苏仁（吴孟达 饰）的儿子苏灿（甄子丹 饰）武艺高强，女友戴懿德（袁洁莹 饰）从国外归来后，遭到火莲教袭击。苏灿为救戴懿德，使用巨型炮仗炸毁太平鼓，却也因此误伤无辜。得知此事的黄飞鸿找苏灿理论，两人由此产生矛盾。十二贝勒趁机从中挑拨，企图借苏灿之手对付黄飞鸿。
与此同时，暗恋苏仁的小姨峭牙珍（陈淑兰 饰）因误会带人破坏戴懿德组织的妇女会。戴懿德察觉十二贝勒的阴谋后，不仅没能脱身，反而被其抓走。苏灿为营救女友落入十二贝勒手中，还被迫染上毒瘾。在挑拨与控制之下，苏灿前去刺杀林则徐，并与黄飞鸿展开激战。关键时刻，戴懿德现身揭开真相，苏灿得知一切后悔不已，意志消沉。幸得老乞丐（关海山 饰）出手相助，苏灿最终成功戒毒。千钧一发之际，他及时赶到，与黄飞鸿联手制服了十二贝勒。
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