《十三号仓库第三季》开篇，一场在华盛顿特区举行的博物馆招待会突遭危机：一尊远古头像雕塑释放出邪恶力量，博物馆工作人员仿佛被控制，手持利器冲向刚刚到场参观的美国总统。特勤局特工Myka（乔安妮·凯莉 Joanne Kelly 饰）与Pete（埃迪·麦克林托克 Eddie McClintock 饰）临危不惧，成功保护总统，并化解了石像带来的危机。当晚，两人收到Frederic夫人（希·庞德 CCH Pounder 饰）的委任状，成为搭档，前往南达科他州一片荒凉之地执行一项没有期限的任务。那里隐藏着一个顶级机密地点——Warehouse 13。表面上，这里只是一座巨大的仓库，实际上却收藏着从世界各地搜集而来的奇特艺术品。Myka和Pete的新工作，就是寻找并处理这些拥有未知能力的藏品。
欧美剧