小勇者们~加美拉~的故事发生在风景秀丽的志摩市。小男孩相泽透因一场交通意外失去了母亲，平日里沉默寡言。某天，他在海岛上发现一块闪耀着红光的石头，石头上还放着一枚蛋。透刚把蛋捧在手中，一只小乌龟便破壳而出。为了纪念母亲生前对自己的昵称，透给它取名为透透，并瞒着父亲孝介将它偷偷养在家中。
透透的出现让透逐渐变得开朗起来，孝介对此既惊讶又欣慰。然而，透透显然不是普通的乌龟。它不仅成长得异常迅速，还能制造气流，在空中飞行。透的青梅竹马、邻家女孩西尾麻衣得知真相后告诉他，透透或许正是33年前以自爆为代价拯救志摩市的怪兽加美拉。
随着透透越长越大，已经无法继续藏在家里，透只好将它转移到海边的一间秘密小屋。麻衣一直患有心脏病，第二天便要前往名古屋的大医院接受手术。为了给她带来好运，透决定把当地流传的绯红色守护石送给麻衣，而这块石头正是透透出生时用来孵化的那块红色石头。麻衣因此向两个透透都表达了感谢。
某天，透透突然从小屋里消失。透正准备外出寻找时，凶恶的蜥蜴怪兽积达士出现在市镇，大肆破坏并捕食人类。孝介赶到现场，想带着儿子和伙伴们逃离危险，却没发现积达士已经从背后张开血盆大口。危急关头，一个庞大的身影猛然冲出，将积达士撞开。原来，透透正是年幼的加美拉。
虽然只有成年加美拉四分之一的体型，透透仍与积达士展开苦战，最终将它击入大海，但自己也因力竭而倒下。随后，政府内阁官员与巨型生物审议委员会将透透带走，透只能眼睁睁看着它被军方押走。就在坏消息接踵而来之际，麻衣的母亲打来电话，告诉透女儿的手术已经顺利完成。奇怪的是，麻衣在梦中却不断念叨着要把守护石还给透透。
学者雨宫原本计划通过催长手术让加美拉迅速成长，以便抵抗即将到来的怪兽袭击。没想到实验尚未完成，积达士便再次在名古屋登陆，研究所也被打得措手不及。尚未完全成长的透透只得再次迎战
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