《亚特兰蒂斯：失落的帝国》讲述了一个沉睡于深海之下的神秘文明。公元前360年，希腊哲学家柏拉图曾在《对话录》中两度提到亚特兰蒂斯，并描述这个文明在一个难以分辨昼夜的夜晚沉入海底。1914年，华盛顿市立博物馆里，年轻的语言学家迈罗始终坚信亚特兰蒂斯的传说，也渴望像祖父那样成为伟大的探险家。尽管博物馆拒绝为他的研究提供资金，祖父生前一位性格古怪的好友却突然现身，愿意资助他前往深海，寻找亚特兰蒂斯存在的证据。
迈罗随后召集各领域专家，组建了一支顶尖探险队，踏上寻找失落之城的旅程。出人意料的是，亚特兰蒂斯并未彻底消失，它的居民依然生活在地底世界。抵达这个神秘国度后，迈罗和队员们见到了已有两万岁高龄的国王，以及八千五百岁的姬妲公主。面对文明逐渐衰败的未来，公主希望这支探险队能够帮助王国重新找回维系城市运转的动力。然而，除了迈罗之外，其他队员都心怀不轨，他们真正的目的只是攫取金钱与财富。
当探险队企图绑架姬妲公主时，迈罗才得知她正是亚特兰蒂斯城生命力量的源头。为了拯救公主和这个古老的文明，他必须依靠自己的力量，并在亚特兰蒂斯人民的帮助下将姬妲救回来。
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