《真·假面骑士 序章》讲述了都市中接连发生女性遇害事件的故事。警方调查后发现，凶手竟是一种异形怪物，而风祭真也因反复梦见与案件有关的情景，长期受到困扰。真是遗传学研究所科学家之子，为了研制治疗不治之症的方法，他自愿成为实验对象，却被疯狂科学家鬼塚强行施以当时最危险的Lv3遗传因子操作实验，最终变成了生化战士“真·假面骑士”。鬼塚真正的目的，是将真作为军事武器献给幕后组织“财团”。真设法逃出财团的控制后，又不得不与财团制造的超级改造战士豪岛展开一场生死决战。
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